Es ist schwer eine Linie zwischen unterstützen und nicht unterstützten Anwendungen zu ziehen. Alle Fehler werden während des Sequencing Vorgangs protokolliert, so das es sich empfiehlt den App-V Sequencer Report nach dem Sequencing zu überprüfen. Grundsätzlich unterstüzt Server App-V Anwendungen (noch) nicht, die folgende Komponenten installieren.

Treiber. Server App-V untersützt keine Virtualisierung von Treibern. Manche Anwendungen lassen es zu, entsprechend benötigte Treiber seperat zu installieren. In diesem Fall sollte der Treiber vor dem Sequencing und vor dem Deployment auf andere Maschinen installiert werden.

Sharepoint. Server App-V unterstützt keine Virtualisierung von Sharepoint  oder von Anwendungen die Sharepoint mit der Installation mitbringen (SharePoint 2010 Foundation und SharePoint on Windows 2003). Wenn die Anwendung Sharepoint benötigt, sollte man prüfen ob man die Anwendung so konfigurieren kann, dass sie sich mit einem externen Sharepoint-Sever verbinden lassen kann. Somit wäre die Anwendung ohne Installation von Sharepoint während des Sequencings virtualisierbar.

SQL Server. Der aktuelle Stand von Server App-V unterstüzt noch keine Virtualisierung von SQL Servern. Auch hier muss während des Sequencings auf eine bereits vorher installierte SQL-Server Instanz auf einer anderen Maschine gezeigt werden.

Scheduled Tasks. Anwendungen die Scheduled Tasks während der Installation anlegen werden nicht von Server App-V unterstützt. Auch hier muss der Scheduled Task vor dem Sequencing und vor dem Deployment erstellt werden.

TFS 2008. Die Anwendung Team Foundation Server 2008 wird nicht von Server App-V unterstützt.

Windows Rollen und Features. Sollten bestimmte Windows Rollen und Features während des Sequencing aktiviert werden, müssen diese auf der Zielmaschine ebenfalls aktiviert werden.

Upgrade von Anwendungen mit SSRS oder Sharepoint Integration wird nicht unterstützt.